Тимін-ДНК-глікозилаза

TDG
Наявні структури
PDB	Пошук для людей: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1WYW, 2D07, 2RBA, 3UFJ, 3UO7, 3UOB, 4FNC, 4JGC, 4XEG, 4Z3A, 4Z47, 4Z7B, 4Z7Z, 5CYS
Ідентифікатори
Символи	TDG, hThymine-DNA glycosylase, thymine DNA glycosylase
Зовнішні ІД	OMIM: 601423 MGI: 3645587 HomoloGene: 2415 GeneCards: TDG
шифр КФ	3.2.2.29
Онтологія гена
Молекулярна функція	• гомодимеризація білків; • GO:0001104 transcription coregulator activity; • зв'язування з пошкодженою ДНК; • GO:0001948, GO:0016582 зв’язування з білками плазми; • зв’язування дволанцюгових ДНК; • гідролазна активність; • protein kinase C binding; • зв'язування з фактором транскрипції; • DNA N-glycosylase activity; • mismatched DNA binding; • protein domain specific binding; • зв'язування з ДНК; • magnesium ion binding; • uracil DNA N-glycosylase activity; • зв'язування з АТФ; • pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity; • sodium ion binding; • chloride ion binding; • SUMO binding; • protein self-association; • G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity;
Клітинна компонента	• PML body; • клітинна мембрана; • нуклеоплазма; • клітинне ядро;
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • ембріональний розвиток; • negative regulation of chromatin binding; • oxidative DNA demethylation; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • negative regulation of protein binding; • ДНК-матрична транскрипція; • cellular response to DNA damage stimulus; • depyrimidination; • DNA demethylation; • base-excision repair; • GO:0100026 Репарація ДНК; • DNA mismatch repair; • Епігенетичне успадкування; • base-excision repair, AP site formation; • regulation of DNA N-glycosylase activity; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • regulation of embryonic development;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	6996
	545124
	ENSG00000139372
	н/д
	Q13569
	н/д
	NM_001008411; NM_003211; NM_001363612
	XM_006521630
	NP_003202; NP_001350541
	н/д
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

TDG (англ. Thymine DNA glycosylase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 410 амінокислот, а молекулярна маса — 46 053^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAENAGSYS	LQQAQAFYTF	PFQQLMAEAP	NMAVVNEQQM	PEEVPAPAPA
QEPVQEAPKG	RKRKPRTTEP	KQPVEPKKPV	ESKKSGKSAK	SKEKQEKITD
TFKVKRKVDR	FNGVSEAELL	TKTLPDILTF	NLDIVIIGIN	PGLMAAYKGH
HYPGPGNHFW	KCLFMSGLSE	VQLNHMDDHT	LPGKYGIGFT	NMVERTTPGS
KDLSSKEFRE	GGRILVQKLQ	KYQPRIAVFN	GKCIYEIFSK	EVFGVKVKNL
EFGLQPHKIP	DTETLCYVMP	SSSARCAQFP	RAQDKVHYYI	KLKDLRDQLK
GIERNMDVQE	VQYTFDLQLA	QEDAKKMAVK	EEKYDPGYEA	AYGGAYGENP
CSSEPCGFSS	NGLIESVELR	GESAFSGIPN	GQWMTQSFTD	QIPSFSNHCG
TQEQEEESHA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, репарація ДНК. Каталізує ексцизію (вирізання) модифікованих основ для широкого спектра субстратів, зокрема тиміну, урацилу, 5-гідроксиметилурацилу, 5-формілцитозину та 5-карбоксилцитозину.^[5] Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Neddermann P., Jiricny J. (1994). Efficient removal of uracil from G.U mispairs by the mismatch-specific thymine DNA glycosylase from HeLa cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 1642—1646. PMID 8127859 doi:10.1073/pnas.91.5.1642
Hardeland U., Steinacher R., Jiricny J., Schaer P. (2002). Modification of the human thymine-DNA glycosylase by ubiquitin-like proteins facilitates enzymatic turnover. EMBO J. 21: 1456—1464. PMID 11889051 doi:10.1093/emboj/21.6.1456
Maiti A., Drohat A.C. (2011). Thymine DNA glycosylase can rapidly excise 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine: potential implications for active demethylation of CpG sites. J. Biol. Chem. 286: 35334—35338. PMID 21862836 doi:10.1074/jbc.C111.284620
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 doi:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Maiti A., Morgan M.T., Pozharski E., Drohat A.C. (2008). Crystal structure of human thymine DNA glycosylase bound to DNA elucidates sequence-specific mismatch recognition. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 8890—8895. PMID 18587051 doi:10.1073/pnas.0711061105

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11700 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q13569 (англ.) . Архів оригіналу за 6 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ Wang, Mengxi (10 лютого 2014). Studies of Mechanisms Regulating Tet Proteins (PDF). edoc.ub.uni-muenchen.de (англ.). Ludwig-Maximilians-Universität München.

Див. також

Хромосома 12

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11700 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-4] UniProt, Q13569 (англ.) . Архів оригіналу за 6 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

[Wang2014-5] Wang, Mengxi (10 лютого 2014). Studies of Mechanisms Regulating Tet Proteins (PDF). edoc.ub.uni-muenchen.de (англ.). Ludwig-Maximilians-Universität München.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]