SMARCC2

SMARCC2
Ідентифікатори
Символи	SMARCC2, BAF170, CRACC2, Rsc8, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 2, CSS8
Зовнішні ІД	OMIM: 601734 MGI: 1915344 HomoloGene: 2312 GeneCards: SMARCC2
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; • зв'язування з ДНК; • GO:0001105 transcription coactivator activity; • GO:0001948, GO:0016582 зв’язування з білками плазми; • nucleosomal DNA binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0031493 histone binding;
Клітинна компонента	• transcription repressor complex; • нуклеоплазма; • клітинне ядро; • SWI/SNF complex; • npBAF complex; • nBAF complex; • GO:0009327 protein-containing complex;
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • ДНК-матрична транскрипція; • нейробіологія розвитку; • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна; • nucleosome disassembly; • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated; • ремоделювання хроматину; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 регуляція транскрипції РНК-полімеразою II; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	6601
	68094
	ENSG00000139613
	ENSMUSG00000025369
	Q8TAQ2
	Q6PDG5
	NM_001130420; NM_003075; NM_139067; NM_001330288
	NM_001114096; NM_001114097; NM_198160; NM_001372395
	NP_001123892; NP_001317217; NP_003066; NP_620706
	NP_001107568; NP_001107569; NP_937803; NP_001359324
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SMARCC2 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 214 амінокислот, а молекулярна маса — 132 879^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAVRKKDGGP	NVKYYEAADT	VTQFDNVRLW	LGKNYKKYIQ	AEPPTNKSLS
SLVVQLLQFQ	EEVFGKHVSN	APLTKLPIKC	FLDFKAGGSL	CHILAAAYKF
KSDQGWRRYD	FQNPSRMDRN	VEMFMTIEKS	LVQNNCLSRP	NIFLCPEIEP
KLLGKLKDII	KRHQGTVTED	KNNASHVVYP	VPGNLEEEEW	VRPVMKRDKQ
VLLHWGYYPD	SYDTWIPASE	IEASVEDAPT	PEKPRKVHAK	WILDTDTFNE
WMNEEDYEVN	DDKNPVSRRK	KISAKTLTDE	VNSPDSDRRD	KKGGNYKKRK
RSPSPSPTPE	AKKKNAKKGP	STPYTKSKRG	HREEEQEDLT	KDMDEPSPVP
NVEEVTLPKT	VNTKKDSESA	PVKGGTMTDL	DEQEDESMET	TGKDEDENST
GNKGEQTKNP	DLHEDNVTEQ	THHIIIPSYA	AWFDYNSVHA	IERRALPEFF
NGKNKSKTPE	IYLAYRNFMI	DTYRLNPQEY	LTSTACRRNL	AGDVCAIMRV
HAFLEQWGLI	NYQVDAESRP	TPMGPPPTSH	FHVLADTPSG	LVPLQPKTPQ
QTSASQQMLN	FPDKGKEKPT	DMQNFGLRTD	MYTKKNVPSK	SKAAASATRE
WTEQETLLLL	EALEMYKDDW	NKVSEHVGSR	TQDECILHFL	RLPIEDPYLE
DSEASLGPLA	YQPIPFSQSG	NPVMSTVAFL	ASVVDPRVAS	AAAKSALEEF
SKMKEEVPTA	LVEAHVRKVE	EAAKVTGKAD	PAFGLESSGI	AGTTSDEPER
IEESGNDEAR	VEGQATDEKK	EPKEPREGGG	AIEEEAKEKT	SEAPKKDEEK
GKEGDSEKES	EKSDGDPIVD	PEKEKEPKEG	QEEVLKEVVE	SEGERKTKVE
RDIGEGNLST	AAAAALAAAA	VKAKHLAAVE	ERKIKSLVAL	LVETQMKKLE
IKLRHFEELE	TIMDREREAL	EYQRQQLLAD	RQAFHMEQLK	YAEMRARQQH
FQQMHQQQQQ	PPPALPPGSQ	PIPPTGAAGP	PAVHGLAVAP	ASVVPAPAGS
GAPPGSLGPS	EQIGQAGSTA	GPQQQQPAGA	PQPGAVPPGV	PPPGPHGPSP
FPNQQTPPSM	MPGAVPGSGH	PGVAGNAPLG	LPFGMPPPPP	PPAPSIIPFG
SLADSISINL	PAPPNLHGHH	HHLPFAPGTL	PPPNLPVSMA	NPLHPNLPAT
TTMPSSLPLG	PGLGSAAAQS	PAIVAAVQGN	LLPSASPLPD	PGTPLPPDPT
APSPGTVTPV	PPPQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, нейрогенез, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 doi:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Phelan M.L., Sif S., Narlikar G.J., Kingston R.E. (1999). Reconstitution of a core chromatin remodeling complex from SWI/SNF subunits. Mol. Cell. 3: 247—253. PMID 10078207 doi:10.1016/S1097-2765(00)80315-9
Sif S., Saurin A.J., Imbalzano A.N., Kingston R.E. (2001). Purification and characterization of mSin3A-containing Brg1 and hBrm chromatin remodeling complexes. Genes Dev. 15: 603—618. PMID 11238380 doi:10.1101/gad.872801
Hsiao P.W., Fryer C.J., Trotter K.W., Wang W., Archer T.K. (2003). BAF60a mediates critical interactions between nuclear receptors and the BRG1 chromatin-remodeling complex for transactivation. Mol. Cell. Biol. 23: 6210—6220. PMID 12917342 doi:10.1128/MCB.23.17.6210-6220.2003

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11105 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q8TAQ2 (англ.) . Архів оригіналу за 5 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 12

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11105 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-4] UniProt, Q8TAQ2 (англ.) . Архів оригіналу за 5 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]